La trama de Prison School se desarrolla en el instituto femenino Hachimitsu, el cual tiene fama de ser uno de los más estrictos y prestigiosos de Tokio. El director de dicho instituto decide cambiar el régimen de la escuela admitiendo también a estudiantes masculinos. Kiyoshi Fujino es uno de estos nuevos estudiantes, y para su sorpresa descubre que él y sus cuatro amigos —Takehito Morokuzu, Shingo Wakamoto, Jōji Nezu y Reiji Andou— son los únicos estudiantes varones entre 1.000 mujeres, y cuya convivencia con ellas es aún más difícil debido a las leyes y reglamentos draconianos por los que se rige la escuela, las cuales fueron establecidas por el denominado Consejo Estudiantil Clandestino, y castiga incluso las infracciones más leves con una estancia en una especie de prisión que posee la escuela.

Después de un intento fallido en colarse a los baños para espiar chicas desnudas, los cinco jóvenes son arrestados por el consejo clandestino y reciben un ultimátum, quedarse un mes en el bloque de prisiones de la escuela o ser expulsados. Los chicos aceptan el encarcelamiento y se ven obligados a realizar duras tareas mientras cumplen su condena en la prisión, bajo la cruel vigilancia de las chicas del consejo. Kiyoshi se siente horrorizado al descubrir que sus cuatro compañeros son masoquistas que se deleitan con los castigos que les otorgan sus supervisoras, atractivas pero despiadadas.